本漫畫劇情接在刺客信條：刺客和刺客信條：聖殿之後，繼續講述夏洛特的故事，同時也有其他現代刺客以及聖殿大師兼黑十字的情節！ 夏洛特小隊遇襲，結果竟是刺客內鬥？現代刺客戴斯蒙德·邁爾斯竟然有個兒子？聖殿與刺客都在調查背後的真相，而當雙方揭秘的同時，新的勢力正在崛起。。。