1999年，新宿──在修復完人理的藤丸立香等迦勒底人員面前，出現了新的特異點。爲了修正扭曲的歷史，藤丸再度進行靈子轉移，而在那裡等待着他的，是排除了「惡」以外事物的永夜魔境。與自稱「新宿的弓兵」的謎之使役者一同闖越世紀末的摩天樓！！