《聖戰系譜》的故事脫離了前三作的背景，將舞臺轉移到遙遠的優古多拉爾大陸，古蘭貝爾王國由十二聖戰的勇者之一的賢者海姆建立，迄今仍由海姆的後嗣治理。現今的國王亞斯穆爾年邁體弱，由王子克爾特代行國政。王國曆757年，古蘭貝爾王國與東方的依薩克王國發生戰爭，古蘭貝爾諸侯均出兵遠征依薩克，西南邊境的貝爾當王國乘虛而入，攻陷了諸侯優古維公國的城池並掠走了公主艾汀，留守西南邊境的主人公席亞菲公子辛格爾德是艾汀的青梅竹馬的好友，於是爲了救她而向貝爾當進軍。