那一天在那座懸崖看到的那段影像。那就是一切的開始──預知了殖民衛星墜落的三名小孩被稱爲「奇蹟的孩子們」。宇宙世紀0097，「拉普拉斯之盒」開啓後一年。原本行蹤成謎的獨角獸鋼彈3號機鳳凰突然現出蹤影。聯邦軍中過去被稱爲「奇蹟的孩子們」的約拿與羅商會的蜜雪兒，兩個人蔘加了「狩獵不死鳥」，追逐鳳凰！爲了各自的願望──