U.C.0081年，一年戰爭終戰後。聯邦軍成立了「Phantom Sweep」部隊進行對ZEON公國的殘黨掃蕩作戰。同時ZEON方面，部隊「Invisible Knights」帶着蓄謀已久的反攻計劃“水天之淚”悄悄開始了行動。