這是受到來自於天空的飛龍襲擊，人類暴露在威脅之中的現代。 人類驅使以魔術所創造出來的蛇之靈體《利維坦》，每日持續不斷地進行抗戰。身爲‘蛇’之契約者，討伐龍的救世之戰乙女——《魔女》。從事於與她們訂下契約的工作爲生的少年春賀晴臣受到其青梅竹馬，作爲歐洲屈指可數的魔女愛莎的邀請（被強行地）而久違地再次回到‘東京新都’，與有着如妖精般的容貌的少女一起生活，並在轉學到的高校爲確保據點而四處奔波，但突然卻遭遇到了上位種之龍‘蘇斯’的襲擊——！？