在『超能力』被看作一般科學的『學園都市』、和平的背後存在着負責執行不能登上臺面的任務的『暗部』組織。『item』——是由四位少女組成的精銳部隊。可以讀取能力者散發的特殊立場並加以追蹤的滝壺理後、擅長使用爆炸物與陷阱作戰的芙蘭達·塞維倫、能夠自由操縱氮氣的防禦擔當絹旗最愛、以及學園都市僅七人的超能力者之一的麥野沈利。期望着在學園都市的陰影裡自由生活的她們、寂靜地鎖定她們的目標。這是、最終將走向那「悲慘事件」的少女們、其相遇與友情與黑暗的故事。