爲了對抗襲擊人類的使徒，被選爲泛用人形決戰兵器EVA駕駛員的少年少女們的戰爭開始了！ 2000年，一顆隕石墜落在南極。造成了載入史冊的巨大災難“第二次衝擊”。而15年後，新的危機又向人類襲來，和人類相似的巨大機械戰鬥羣入侵者“使徒”開始襲擊人類。爲了對抗使徒，人類開發了泛用人形決戰兵器“EVA”，而只有被選中之人才有條件駕駛EVA。被選爲駕駛員的“三名少年少女”的戰鬥，現在即將開幕——。