箱庭學園一年級的少女黑神目瀧，是一名十全十美的一年級生，於第98代學生會長選舉中以壓倒性的98\\%支持度勝出。她根據選舉公約設置了“目標箱”，並招攬了青梅竹馬人吉善吉和其他特別的朋友爲成員，一起解決學生的問題……